SimpleDesign 是一个用于蛋白质序列与结构联合设计的生成模型，可同时理解氨基酸序列与三维结构之间的多模态关系。现有模型通常采用多阶段训练，先训练自编码器将数据 tokenize 为隐表示，再在其隐表示上训练生成模型。